Table 4: Detection (absence or presence) of CBSV and UCBSV in cassava germplasm through RT-PCR.
Germplasm |
CBSV |
UCBSV |
LVI |
Germplasm |
CBSV |
UCBSV |
LVI |
Germplasm |
CBSV |
UCBSV |
LVI |
LCL_Shavirotsi |
- |
- |
NI |
LCL_NyaYenga |
+ |
- |
DI |
LCL_Kitwa-b |
- |
- |
NI |
LCL_Bwichina |
+ |
- |
SI |
LCL_NyaGang |
+ |
- |
SI |
LCL_Kitwa-c |
- |
- |
NI |
LCL_Lunyalala |
+ |
- |
SI |
LCL_NyalKada |
+ |
- |
SI |
LCL_Masokani-a |
+ |
- |
SI |
LCL_Shanina |
+ |
+ |
DI |
LCL_NyaUdai |
+ |
- |
SI |
LCL_Masokani-b |
+ |
- |
SI |
LCL_Mukulusu |
- |
- |
NI |
LCL_Adhiambo Lera |
+ |
- |
SI |
LCL_Kaliluni |
- |
- |
NI |
LCL_Itenyi |
+ |
+ |
DI |
LCL_NyaBungoma |
+ |
- |
SI |
LCL_Muvila |
- |
- |
NI |
LCL_Shisembe |
+ |
+ |
DI |
IPG_Lady Gay |
- |
- |
NI |
LCL_Kalimbini-a |
- |
- |
NI |
LCL_Inzakula |
- |
- |
NI |
IPG_Kiboko297 |
+ |
- |
SI |
LCL_Kalimbini-b |
+ |
- |
SI |
LCL_Shitaho |
+ |
- |
SI |
IPG_Thika272 |
- |
- |
NI |
LCL_Kalimbini-c |
+ |
- |
SI |
LCL_Lugala |
+ |
- |
SI |
IPG_Thika273 |
- |
- |
NI |
LCL_Kalimbini-d |
+ |
- |
SI |
LCL_Lugusisti |
- |
- |
NI |
IPG_Kiboko275 |
- |
- |
NI |
LCL_Kitivo |
+ |
- |
SI |
LCL_Banasa |
+ |
+ |
DI |
IPG_Kiboko274 |
- |
- |
NI |
LCL_Kimutwa |
+ |
- |
SI |
LCL_Isambe |
- |
- |
NI |
IPG_Thika280 |
- |
- |
NI |
LCL_Mumbuni |
+ |
- |
SI |
LCL_Isulu |
+ |
+ |
DI |
IPG_Kiboko300 |
- |
- |
NI |
IPG_Katsuhanzala |
+ |
- |
SI |
LCL_Ikholi |
+ |
- |
SI |
IPG_Kiboko271 |
- |
- |
NI |
IPG_Kasukari |
+ |
- |
SI |
LCL_Ingotse |
+ |
+ |
DI |
IPG_Thika279 |
- |
- |
NI |
IPG_TC14 |
+ |
- |
SI |
LCL_Shikoti |
+ |
+ |
DI |
IPG_Thika289 |
- |
- |
NI |
IPG_TC4-Katune |
+ |
- |
SI |
LCL_Shipalo |
+ |
+ |
DI |
IPG_Kiboko295 |
- |
- |
NI |
IPG_99/0056 |
+ |
- |
SI |
LCL_Shamiloli |
- |
- |
NI |
IPG_Kiboko277 |
- |
- |
NI |
LCL_Halu |
+ |
- |
SI |
LCL_Madioli |
+ |
- |
SI |
IPG_Kiboko276 |
- |
- |
NI |
LCL_Kibandameno |
+ |
- |
SI |
LCL_Shiswa |
+ |
- |
SI |
IPG_Thika278 |
- |
- |
NI |
LCL_Tajirika |
+ |
- |
SI |
LCL_Magana |
- |
- |
NI |
IPG_Kiboko281 |
- |
- |
NI |
LCL_Kaleso |
+ |
- |
SI |
LCL_Matuja |
+ |
- |
SI |
IPG_Kiboko9 |
- |
- |
NI |
LCL_Soyosoyo |
+ |
- |
SI |
LCL_Fumbachai |
+ |
+ |
DI |
IPG_Kiboko10 |
- |
- |
NI |
LCL_Sokoke-I |
+ |
- |
SI |
IPG_CK9 |
+ |
- |
SI |
IPG_Kiboko11 |
- |
- |
NI |
LCL_Sokoke-II |
+ |
- |
SI |
MM96/1871 |
+ |
- |
SI |
IPG_Kiboko159 |
+ |
- |
SI |
LCL_Kakanjuni-I |
+ |
- |
SI |
IPG_MM97/0293 |
+ |
- |
SI |
IPG_Kiboko257 |
- |
- |
NI |
LCL_Kakanjuni-II |
+ |
- |
SI |
IPG_MM98/1313-HS |
- |
- |
NI |
IPG_Kiboko258 |
- |
- |
NI |
LCL_Kakanjuni-III |
+ |
- |
SI |
IPG_MH95/0183 |
+ |
+ |
DI |
IPG_Kiboko259 |
- |
- |
NI |
LCL_Mkongo-I |
+ |
- |
SI |
IPG_MM08/2206 |
- |
- |
NI |
IPG_Kiboko267 |
+ |
+ |
DI |
LCL_Mkongo-II |
- |
- |
NI |
IPG_MM96/0686 |
- |
- |
NI |
IPG_Kiboko268 |
+ |
+ |
DI |
LCL_ChaVyango-I |
+ |
- |
SI |
LCL_Aruaro |
+ |
- |
SI |
IPG_Kiboko269 |
+ |
+ |
DI |
LCL_ChaVyango-II |
+ |
+ |
DI |
LCL_OthigoDiep |
+ |
- |
SI |
IPG_Kiboko270 |
+ |
- |
SI |
LCL_Chumani |
+ |
- |
SI |
LCL_Nyakatanegi-a |
+ |
- |
SI |
LCL_Serere |
+ |
- |
SI |
LCL_Matano Manne |
+ |
- |
SI |
LCL_Nyakatanegi-b |
+ |
- |
SI |
LCL_Thika-5 |
+ |
- |
SI |
IPG_KALRO |
+ |
- |
SI |
LCL_Nya-Uyoma |
+ |
- |
SI |
LCL_Kasioni |
- |
- |
NI |
IPG_Agriculture |
+ |
+ |
DI |
LCL_Kamis |
+ |
- |
SI |
LCL_Kisimba |
- |
- |
NI |
|
|
|
|
LCL_Nya-Uganda |
+ |
+ |
DI |
LCL_Kitwa-a |
- |
- |
NI |
|
RT-PCR = reverse transcriptase polymerase chain reaction; CBSV = cassava brown streak virus; UCBSV = Ugandan CBSV; LVL = level of infection; positive (+); negative (-); NI=No Infection for both viruses; SI=Single Infection; DI=Dual Infection; LCL = local cassava landrace; IPG = improved genotype; red = germplasm from Kakamega; green = germplasm from Siaya; blue = germplasm from Kitui; pink = germplasm from Makueni and black = germplasm from Kilifi.