Table 4: Detection (absence or presence) of CBSV and UCBSV in cassava germplasm through RT-PCR.

Germplasm

CBSV

UCBSV

LVI

Germplasm

CBSV

UCBSV

LVI

Germplasm

CBSV

UCBSV

LVI

LCL_Shavirotsi

-

-

NI

LCL_NyaYenga

+

-

DI

LCL_Kitwa-b

-

-

NI

LCL_Bwichina

+

-

SI

LCL_NyaGang

+

-

SI

LCL_Kitwa-c

-

-

NI

LCL_Lunyalala

+

-

SI

LCL_NyalKada

+

-

SI

LCL_Masokani-a

+

-

SI

LCL_Shanina

+

+

DI

LCL_NyaUdai

+

-

SI

LCL_Masokani-b

+

-

SI

LCL_Mukulusu

-

-

NI

LCL_Adhiambo Lera

+

-

SI

LCL_Kaliluni

-

-

NI

LCL_Itenyi

+

+

DI

LCL_NyaBungoma

+

-

SI

LCL_Muvila

-

-

NI

LCL_Shisembe

+

+

DI

IPG_Lady Gay

-

-

NI

LCL_Kalimbini-a

-

-

NI

LCL_Inzakula

-

-

NI

IPG_Kiboko297

+

-

SI

LCL_Kalimbini-b

+

-

SI

LCL_Shitaho

+

-

SI

IPG_Thika272

-

-

NI

LCL_Kalimbini-c

+

-

SI

LCL_Lugala

+

-

SI

IPG_Thika273

-

-

NI

LCL_Kalimbini-d

+

-

SI

LCL_Lugusisti

-

-

NI

IPG_Kiboko275

-

-

NI

LCL_Kitivo

+

-

SI

LCL_Banasa

+

+

DI

IPG_Kiboko274

-

-

NI

LCL_Kimutwa

+

-

SI

LCL_Isambe

-

-

NI

IPG_Thika280

-

-

NI

LCL_Mumbuni

+

-

SI

LCL_Isulu

+

+

DI

IPG_Kiboko300

-

-

NI

IPG_Katsuhanzala

+

-

SI

LCL_Ikholi

+

-

SI

IPG_Kiboko271

-

-

NI

IPG_Kasukari

+

-

SI

LCL_Ingotse

+

+

DI

IPG_Thika279

-

-

NI

IPG_TC14

+

-

SI

LCL_Shikoti

+

+

DI

IPG_Thika289

-

-

NI

IPG_TC4-Katune

+

-

SI

LCL_Shipalo

+

+

DI

IPG_Kiboko295

-

-

NI

IPG_99/0056

+

-

SI

LCL_Shamiloli

-

-

NI

IPG_Kiboko277

-

-

NI

LCL_Halu

+

-

SI

LCL_Madioli

+

-

SI

IPG_Kiboko276

-

-

NI

LCL_Kibandameno

+

-

SI

LCL_Shiswa

+

-

SI

IPG_Thika278

-

-

NI

LCL_Tajirika

+

-

SI

LCL_Magana

-

-

NI

IPG_Kiboko281

-

-

NI

LCL_Kaleso

+

-

SI

LCL_Matuja

+

-

SI

IPG_Kiboko9

-

-

NI

LCL_Soyosoyo

+

-

SI

LCL_Fumbachai

+

+

DI

IPG_Kiboko10

-

-

NI

LCL_Sokoke-I

+

-

SI

IPG_CK9

+

-

SI

IPG_Kiboko11

-

-

NI

LCL_Sokoke-II

+

-

SI

MM96/1871

+

-

SI

IPG_Kiboko159

+

-

SI

LCL_Kakanjuni-I

+

-

SI

IPG_MM97/0293

+

-

SI

IPG_Kiboko257

-

-

NI

LCL_Kakanjuni-II

+

-

SI

IPG_MM98/1313-HS

-

-

NI

IPG_Kiboko258

-

-

NI

LCL_Kakanjuni-III

+

-

SI

IPG_MH95/0183

+

+

DI

IPG_Kiboko259

-

-

NI

LCL_Mkongo-I

+

-

SI

IPG_MM08/2206

-

-

NI

IPG_Kiboko267

+

+

DI

LCL_Mkongo-II

-

-

NI

IPG_MM96/0686

-

-

NI

IPG_Kiboko268

+

+

DI

LCL_ChaVyango-I

+

-

SI

LCL_Aruaro

+

-

SI

IPG_Kiboko269

+

+

DI

LCL_ChaVyango-II

+

+

DI

LCL_OthigoDiep

+

-

SI

IPG_Kiboko270

+

-

SI

LCL_Chumani

+

-

SI

LCL_Nyakatanegi-a

+

-

SI

LCL_Serere

+

-

SI

LCL_Matano Manne

+

-

SI

LCL_Nyakatanegi-b

+

-

SI

LCL_Thika-5

+

-

SI

IPG_KALRO

+

-

SI

LCL_Nya-Uyoma

+

-

SI

LCL_Kasioni

-

-

NI

IPG_Agriculture

+

+

DI

LCL_Kamis

+

-

SI

LCL_Kisimba

-

-

NI

 

 

 

 

LCL_Nya-Uganda

+

+

DI

LCL_Kitwa-a

-

-

NI

 

RT-PCR = reverse transcriptase polymerase chain reaction; CBSV = cassava brown streak virus; UCBSV = Ugandan CBSV; LVL = level of infection; positive (+); negative (-); NI=No Infection for both viruses; SI=Single Infection; DI=Dual Infection; LCL = local cassava landrace; IPG = improved genotype; red = germplasm from Kakamega; green = germplasm from Siaya; blue = germplasm from Kitui; pink = germplasm from Makueni and black = germplasm from Kilifi.